Museum Sandi dapat dicapai menggunakan transportasi umum yang tersedia di Kota Yogyakarta, TransJogja. Berikut adalah rute TransJogja yang dapat diambil dari berbagai lokasi di Kota Yogyakarta untuk menuju Museum Sandi :

1. Terminal Jombor (2B) > Terminal Condongcatur (3A) > Halte Museum Sandi

2. Terminal Prambanan (1A) > Terminal Janti (3A) > Halte Museum Sandi

3. Stasiun Tugu (3A) > Halte Museum Sandi

4. Terminal Giwangan (3A) > Halte Museum Sandi